Die ersten Anzeichen menschlicher Besiedlung im heutigen Gemeindegebiet von Manacor gehen bis in die prätalayotische Zeit (2000 bis 1200 v. Chr.) zurück, auch wenn die Ankunft des Menschen auf Mallorca im fünften Jahrtausend vor unserer Zeitrechnung liegt. Aus dieser Zeit stammen die künstlichen Grabhöhlen (Höhle von Homonet auf Son Ribot, Mitjà de ses Beiesin Sa Sínia Nova usw.) und die Navetes, allein stehende oder in Siedlungen angeordnete Bauten, die als Wohngebäude dienten (sa Marineta, s’Hospitalet Vell, usw.).

Um 1400 v. Chr. fand eine strukturelle Änderung in der Vorgeschichte Mallorcas statt, und es bildete sich die talayotische Kultur, die sich durch ihre Baukunst auszeichnete. In dieser Epoche entstanden die Talayots, große Türme, die mit riesigen Steinblöcken errichtet wurden, von denen heute noch großartige Überreste im gesamten Gemeindegebiet erhalten sind. Die herausragendsten Talayot-Siedlungen sind die von s’Hospitalet Vell, Es Boc i Bellver, sowie die Bauten von Bendrís, Son Sureda und Sa Gruta und andere.

Die Anwesenheit der Griechen im westlichen Mittelmeerraum und die Gründung von Ebusus im Jahre 654 v. Chr. als Kolonie der Punier brachten große Veränderungen für die talayotische Bevölkerung mit sich, die ab diesem Zeitpunkt in die sogenannte “Welt der Kolonisierung” eintauchte. Durch die Kontakte mit den klassischen Kulturen wurden neue Lebensformen und Überzeugungen eingeführt. Als Quintus Caecilius Metellus im Jahre 123 v. Chr. Mallorca eroberte, begann ein nicht umkehrbarer Romanisierungsprozess.

In Manacor gibt es zahlreiche römische Gegenstände, die auf dem Meeresgrund von Porto Cristo gefunden worden waren, obwohl sich die umfangreichsten Informationen über das späte Römische Reich in Manacor befindet. Die Basiliken von sa Carrotja und Son Peretó bezeugen das Vorhandensein von gut gefestigten christlichen Gemeinden.

Während des 8. und 9. Jahrhunderts schienen die wichtigsten Mächte des Mittelmeeres, nämlich Byzanz, der Islam und das Karolingerreich, die Balearischen Inseln vergessen zu haben. Es fand nur der eine oder andere feindliche Einfall durch den Islam gegen die Inseln statt, welche im Jahre 902 mit der Unterwerfung Kataloniens zum Emirat von Córdoba endeten.

Die verschiedenen islamischen Etappen zogen sich bis 1229, bis zum Jahr der Eroberung von Mallorca durch die Katalanen hin. Die islamische Welt in Manacor zeigt sich in den damaligen ländlichen Gemeinden, verteilt auf Gehöfte und “rafals”. Aus dieser Zeit wurden nur Keramikscherben gefunden, ferner sind einige Straßennamen erhalten, die auf arabischen oder Berber-Ursprung hinweisen.

Der Ursprung der Stadt Manacor liegt vor der islamischen Herrschaft, wie aus den Funden hervorgeht, die in der Umgebung der heutigen Pfarrkirche gemacht wurden.

Schon im Jahr 1300 erteilte Jaume II. Manacor die Stadtrechte, die zu jenem Zeitpunkt eine recht bedeutende Einwohnerzahl und eine Pfarrkirche aus dem Jahre 1236 hatte, deren Existenz in verschiedenen gefundenen Dokumenten urkundlich belegt ist. Von den Anfängen der Stadt sind noch der Turm Torre del Palau, und einige befestigte ländliche Anwesen wie Torre de ses Puntes und Torre dels Enagistes erhalten. Im Mittelalter spielte Manacor eine wichtige Rolle bei den sozialen Kämpfen, bei denen eine herausragende Persönlichkeit, Simó Tort, der Vorkämpfer war.

Die städtische und soziale Entwicklung wurde besonders durch die Gründung des Klosters Sant Vicenç Ferrer durch den Orden der Predigerbrüder im Jahre 1576 gekennzeichnet. Zeitgleich wurde die Barockkirche erbaut und es entstand das Stadtviertel Fartàritx, in dem es viele Windmühlen gibt, die typisch für das Bild dieses Stadtteils sind. Anfang des folgenden Jahrhunderts begann der besagte Orden mit dem Bau des Kreuzgangs. Mit der Desamortisation in Spanien im Jahre 1835 fiel das Vermögen des Ordens an den Staat, und die Räumlichkeiten des Klosters wurden für die Stadtverwaltung und als Gerichtsgebäude genutzt.

Bis zum 19. Jahrhundert basierte die Wirtschaft Manacors auf Ackerbau (Getreide- und Weinanbau) und Viehzucht (Schafe), wobei auch der Textil- und Lebensmittelsektor sowie das Töpfereigewerbe eine gewisse Bedeutung hatten.

Im 19. Jahrhundert begannen die Veränderungen, die aus Manacor das machten, was es heute ist. Die Industrien zur Verarbeitung landwirtschaftlicher Produkte nahmen zu. Im Stadtbild tauchten die Windmühlen und eine Branntweinfabrik auf. Seit der zweiten Hälfte des Jahrhunderts bilden die Möbelherstellung und die Perlen-Manufaktur eine der wirtschaftlichen Grundlagen Manacors. Aber auch das Töpfereigewerbe und die Herstellung von Likören und Weinen sind weiterhin von Bedeutung.

1879 wurde die Eisenbahnstrecke zwischen Inca und Manacor eingeweiht und 1902 die erste Perlenfabrik gegründet. So wurde Manacor zum Handels- und Industriezentrum des Ostens der Insel Mallorca. Seit 1912 besitzt Manacor Stadtrechte.

Die wirtschaftliche Entwicklung veränderte nicht nur die Gewohnheiten der Gesellschaft, sondern wirkte sich auch deutlich auf das Stadtbild aus. Sie begann zum Ende des vergangenen Jahrhunderts mit dem Bau der neuen Pfarrkirche Nostra Senyora dels Dolors. Diese wurde auf den Fundamenten der früheren Kirchen errichtet, von denen die älteste schon im Jahre 1232 urkundlich erwähnt und wahrscheinlich auf einer ehemaligen arabischen Moschee entstand (Fund von einer Grabinschrift, die im Diözesanmuseum von Palma zu sehen ist). Ihr berühmtester Teil, der Glockenturm, befindet heutzutage in Bau. Ferner entstanden einige der Herrenhäuser in den Straßen Nou, Major, Pius XII, Bosch usw. Gleichzeitig wurden die historischen Stadtviertel (Fartàritx und es Barracar) erweitert und verstärkt, und in der Umgebung des Bahnhofs und der Promenade na Camel·la neue Viertel. In den 1960er Jahren kam der Fremdenverkehr mit dem darauf folgenden Bau von Hotels und Wohnanlage hinzu. Heute findet das Wachstum der Stadt hauptsächlich in den neueren Stadtteilen der Schulzentren und in den Erweiterungen der Promenaden Port, Fartàritx und Ferrocarril statt.